אם השם המדעי של המדוזה המוכרת לנו כיום הוא "חוטית נודדת", אז מהיכן הגיע השם "מדוזה"? מהמיתולוגיה היוונית.
המיתולוגיה היוונית מלאה בסיפורים דמיוניים על תולדותיה של יוון הקדומה: אלים נקמניים, מלחמות, אהבות, תככים וטרגדיות. הגיבורה של אחד הסיפורים הללו היא אלה בשם מדוזה, מעין מפלצת אדם, שבמקום שערות יוצאים לה מהראש נחשים וכל מי שמביט בה בעיניים – הופך לצערו הרב לאבן. המראה של אותה מדוזה מזכיר את המראה של המדוזה שלנו, ומכאן השם.